Ježek Sonic je videoherní legenda a díky dvěma úspěšným filmům se už zařadil i mezi hvězdy stříbrného plátna. Poté, co se mu podařilo zachránit celou planetu a své přátele před všehoschopným zlounem Doktorem Robotnikem (Jim Carey), mohl by si vzít trvalou dovolenou. To by ovšem nesměl existovat tajný vládní program označený „Projekt Shadow“ (tak letitý, že na něm pracoval už Robotnikův dědeček). Jeho výsledkem bylo stvoření Sonicova zlého dvojčete, tvora s neuvěřitelnou silou a schopností teleportace. A tenhle nezmar teď půjde oblíbenému modrému ježkovi po krku. Když Sonic pozná, že je Shadow nad jeho síly, rozhodne se v zájmu vyššího dobra spojit s tím, s kým by to za normálních okolností nikdy dohromady nedal – s Doktorem Robotnikem.